В компасе поставить точки имея 3 координаты (x,y,z).

Как вы догадываетесь, в 2Д действует эпюр Монжа. Т. е. координаты проставлять по этим принципам. Именно попарно: Для каждой плоскости проекций выставляются по две координаты. А вот все три можно выставить в Компасе только в 3Д модели.