Как долетететь из Сингапура до Эль Нидо (Филиппины) и обратно Эль Нидо-Куало-Лумпур. Какую гостиницу взять в Эль Нидо?

С пересадкой в Маниле.

В Маниле, Кларке либо в Себу пересадка на самолёт до Пуэрто Принцессы, далее на автобусе.
В самом Эль-Нидо тоже есть аэродром, регулярных рейсов в нём нет, но многим удаётся прибиться к местным чартерным. На форуме Воинского можно почитать подробнее.

посмотрите airasia

Из Сингапура на Себу а/к TigerAir, а оттуда на CebuPasificAir до Пуэрто-Принцессы, а там ещё 10-11 часов на автобусе до Эль-Нидо.