Особой разницы нет.. Первое означает - "быть обвиненным по какому-то кодексу" . Второе - ."быть обвиняемым в каком-то преступлении". Если вы хотите сказать, что объект обвиняется по уголовному делу (совершил уголовное преступление), то нужно применить ваш первый вариант этой фразы. А если вы говорите, за какое именно преступление обвиняется объект, тогда нужно применить второй вариант.