Чем отличается сова от филина ? Только ли размерами ?

Не только этим.
В основном они отличаются тем, что это разные птицы. Семейство одно, а род - уже разный. Ну, а вид - тем более.

Ничем, только некоторых ушастых сов, называют филинами. Семейство -одно. Рода - разные.

Думаю, что ушами!

Смотря о какой сове и о каком филине идёт речь. Видов и тех и других несколько.