Как обозначать орфограммы
Сама орфограмма, то есть то место, которое требует применения орфографического правила, подчёркивается одной чертой, объяснение или проверенная согласная или гласная в слове проверочном – двумя. При этом выделяется соответствующим значком та морфема или те морфемы, кв которых есть орфограмма.
Зелёная паста, конечно, хорошо (красиво, но, на мой взгляд, пустая трата времени на уроке, связанная с перекладыванием с места на место ручек с фиолетовой и зелёной пастой), но это, скорее, требование конкретного учителя, а не правила обозначения орфограмм.
Примеры:

н
подчеркивай то место где орфограмма, и в скобках объясняй ее зеленой ручкой, выделяй морфему ( часть слова, обязательно)
Пример. сладкий (прил., сладок). выдели морфему и букву.
Тоесть сначало пишешь часть речи а потом пишешь проверочное слово.