Нужно ли снимать колпачки с неиспользуемых портов на... видеокарте например?

нет

как хочешь

На твое усматрение

зачем? что бы пыли туда собиралось?

можно снять можно оставить - обычно все снимают .

Это не имеет никакого значения, кроме того что порты не зарастут пылью. На работоспособности не отражается.

Можно если хочешь