как можно заверить письмо, полученное по e-mail для предоставления в суд.

скрин и ссылку и заверить у нотариуса))

Никак. Тело письма, все хэдеры и адрес отправителя можно подделать.

как понять заверить входящее письмо?
На крайняк распечатай письмо и заверь от своего лица.

Письмо отсканировано и отправлено, или напечатано? Если написано от руки с подписью и датой, должно и так подойти. В суд не отправлял, но в разные организации для совершения платежей возвратов отправлял, было без проблем.... Есть ещё электронная подпись, она регистрируется на сайте https://www.gosuslugi.ru