Как сдать РСВ -1 за год, начислен дважды больничный лист в сентябре и по строке 201 в октябре получается сумма с минусом

То есть, вы удержали сентябрьский б/л в октябре и других необлагаемых выплат у вас не было? В таком виде вы РСВ-1 не сдадите. Из этой ситуации есть два выхода - или сдавать корректирующий расчет за 9 месяцев или подгонять этот расчет.