Почему правильно спросить You’re staying in Boston? For only two days? а не Are you staying in Boston?

В порядке слов.

Вопрос в том, что такое в данном случае "правильно". Первый вариант сейчас распространеннее, второй - академичнее, но так никто почти уже не говорит.

Лет 20 назад побывав за рубежом я был удивлён явлением постановки вопроса только с помощью интонации. Когда я спросил об этой странности, с моей точки зрения, и правильности постановки вопроса без инверсии, мне после непродолжительной паузы ответили: Если ты хочешь быть грамотным и образованным человеком, предпочтительнее всё-таки использовать инверсию. ))) Но это было в Европе. У американцев абсолютно другой взгляд на язык. Скажем так намного проще.