Отправленные через яндекс почту письма попадают в папку входящие. Как исправить проблему?

А куда они должны попадать?
Если Вам надо, чтобы письма с какого-то адреса попадали в определённую папку - настройте фильтр в своей почте:
https://e.mail.ru/settings/filters?action=edit

Помощь по настройке фильтров:
https://help.mail.ru/mail-help/settings/filters
https://help.mail.ru/mail-help/mailbox/filters/create
https://help.mail.ru/mail-help/mailbox/filters/example/

Если нужные письма попадают в папку Спам, то отметьте их галочкой и нажмите на кнопку "Не спам".