Обязательна ли перепрошивка после удаления клапана ЕГР и сажевого фильтра?

Да. Иначе постоянно будут ошибки выскакивать. Во время прошивки можно за одно и мощность и крутящий момент поднять программно. Обычно это на 20-25% дороже чем просто прошивка с теми же параметрами на выходе. Я в свое время очконул форсироваться, а теперь по новой платить за прошивку жаба душит. ((
(Астра турбодизель)

да нужно, всё связано с сигналами датчиков для работы контроллера.

в обязательном порядке!
тут вот написано доступным языком об этих системах:
https://swtuning.ru/otklyuchenie-egr-agr-egr
https://swtuning.ru/udalenie-sazhevykh-filtrov