Хочу на сайте использовать PHP страницы

В общем, можно включить вот так (один из многих вариантов)

Файл test.pl

#!/usr/bin/perl
print "This is a perl script\n";
my $output = `php test.php`;
print "This is from PHP:\n$output\n";
print "Back to perl...\n";
exit 0;

Файл test.php

<?php
echo "PHP generated this";
?>

Теперь смотрим результат выполнения test.pl (perl test.pl)

This is a perl script
This is from PHP:
PHP generated this
Back to perl...