Нужно делать обязательно разминку перед тренировкой, организму нужно привыкнуть. Старайтесь ритмично дышать (ритм выбираете сами какой вам комфортнее). Если вы начали дышать через 1-2 шага, то такого режима и придерживайтесь до конца дистанции. Бегайте в специальных беговых кроссовках предназначенных для местности, на которой вы чаще всего бегаете. Вот неплохая статья с советами и примерами кроссовок:
https://vk.com/professionalsport_ru?w=wall-18877724_872 Выбирайте кроссовки с хорошей амортизацией и учитывающий ваш вес и пронацию стопы. Возможно также дело может заключаться и в самой технике бега, либо попробуйте сменить место для тренировок.