как понять "текущий год"? нужна справка ндфл, за текущий год. это начиная с 01.01.16?

Да.

Текущий год-который идет сейчас, то есть 2016

Если вы возьмете справку за все время работы (например, вы проработали в компании 2 года), это тоже будет допустимо.

Бесит засилье этой бюрократии в стране, что даже в туалет без бумажки на оф. работе не сходишь...
Это значит, что как они сказали, так и понимай... подстрахуйтесь и возьмите за год от этой даты.