Скажите, а такие 1000 рублёвые банкноты в обращении? + почему в магазине отказались принимать.

Это не модификация 2001 года, это купюра образца 1997 года без модификации, т. е. самые первые после деноминации. И многих людей они смущают. Они думают, что это поддельная купюра или уже вышедшая из обращения. Но на самом деле, разумеется, все купюры 1997 года в обращении, хоть вам и 5-рублевая купюра попадется.