Могут ли отказать в оформлении/выдаче загранпаспорта ?

Да, могут отказать. Случаи отказа в выдаче загранпаспорта:
Гражданину не выдадут документ, необходимый для удостоверения его личности за территорией России, если он имеет или имел в недавнем прошлом доступ к информации, относящейся к государственной тайне, при этом им заключён трудовой договор или трудовой контракт с ограничением выезда за пределы страны. Такая информация (сведения) должна носить следующие грифы секретности: особо важные сведения; совершенно секретные.
Подробнее здесь - Источник: http://www.pasportist24.ru/zagranpasport/otkaz-v-vydache-zagranpasporta/