Какие места/районы лучше посетить в Праге?

Посетите сайт туристер .ру -выбор страны-город там много что написано о Праге и что посмотреть.

Пражский град, там же есть музей игрушек. В Вышеград съездите. Фонтаны светомузыкальные посмотрите.
Покормите уток-лебедей на острове, покатайтесь по Влтаве на кораблике и водном велосипеде.

Театр теней и света (если дети не очень маленькие): http://www.praga-praha.ru/teatr-image/ Впрочем, таких театров несколько, выбирайте подходящий: http://www.meloun.ru/2014/10/chyornye-teatry-v-prage/

Ой, да по Праге можно просто гулять, она прекрасна. Кржижиковы фонтаны. Обычно у Карлова моста - воздушный шар, на нем подняться.

Наберите в любом поисковике запрос "Достопримечательности Праги" и выберите из несметного числа полученных результатов то, что именно Вам и Вашим детям покажется наиболее любопытным.
Детям, думаю, кроме зоопарка будет приятно посмотреть Кржижиковы фонтаны и океанариум "Морской мир" (Mořský Svět).

Я думаю вы уже знаете много популярных мест как Карловы Вары или тот же старый город в Праге. Есть еще много оригинальных мест например музей алхимии, костел из костей (реально из человеческих ) или магическая пещера. Если вам интересна такая сторона Праги, можете подробнее почитать эту статью (7 мест Чехии, о которых вы еще не слышали).

https://blog.claimcompass.eu/7-miest-v-chiekhii-o-kotorykh-vy-ieshchie-nie-slyshali/

Детям будет точно интересно и вам тоже :)