Обычной электричкой получится в сумме 5,5 часов в пути (2,25+3,25) и на ожидание пересадки в Александрове-1м.
Из Москвы я бы выехал в 10.23, за 2.05 доехал до Александрова. Немножко погулял-покушал и покатил бы на 13.40 в Ярославль. К пяти можно быть в Ярославле, оставить вещи в хостеле и дальше можно налегке идти гулять по городу.
В деньгах будет незначительный выигрыш, по сравнению с поездами с сидячими или даже плацкартными местами. Рублей на 300. А по времени разница будет более 3-х часов. Поэтому при похожих денежках я бы выбрал поезд №104Я.