Подскажите, почему подорожали билеты на двухэтажный поезд до Адлера в сентябре? И может она поменяться?

Всё просто - спрос рождает предложение. Вы в курсе, что на сайтах ТО, например, цена меняется от количества запросов на конкретные даты и отели автоматически?

Сезон

потому что не только жители села Клементьевское захотели съездить на море

Так сезон ведь, господа из администрации.
В октябре подешевеет. В ноябре еще дешевле будет.

Двухэтажный поезд входит в систему динамического ценообразования...
Т. е. чем больше билетов уже продано, тем выше цена... А, так как в сезон все покупают билеты в первые часы (если не сказать минуты) после начала продаж на конкретную дату, то и билеты остаются только самые дорогие...
Начало продаж за 45 суток до даты отправления поезда в 8:00 по Московскому времени...