Можно ли мужчине заходить в церковь в шортах?

А вас, что, не пускают? Храм господня открыт для всех.

вообще-то Иисус заходил с голыми ногами и даже без штанов, их тогда носили только варвары.

Нежелательно. Шорты уместны для пляжа. Вы же не ходите в офис в шортах?! Если больше нечего надеть то это другой вопрос.

Вообще-то не принято.
"Одежда выше колен обнажает бесстыдство души" - Иоанн Златоуст
Но нужно также понимать, что "суббота для человека, а не человек для субботы".

Нет, нельзя. Штаны должны быть ниже колена. Если нет то вам дадут что-нибудь на бедра длинное повязать, чтобы прикрыть колени. Помню ходила как-то в храм, мужчине отказали, сказали, что слишком короткие, и дали женскую юбку одеть, которую дают женщинам, в штанах при входе.

Очень и очень нежелательно, особенно, если шорты совсем короткие.

Не разу ннэи видел никого в шортах там