Что будет если в TWRP recovery зайти в wipe и очистить system что будет. Он удалит систему? или просто всё лишнее?

Всё лишнее да

Может поздно, но все равно дополню ответ, может кому нибудь будет полезным Удаляет систему. Телефон становится почти полностью чистым от системы, кроме базовых системных файлов и файлов рекавери.
Дальше тем, кто как я очистил все и превратил телефон в кирпич. По своей неосведомленности я очистил все и перезагрузил телефон. Телефон стал кирпичом. Кроме логотипа марки на экране ничего не было, экран постоянно был включен и он грелся прилично. При попытке войти в рекавери, он только перезагружался. Подумал что все приехали... Порылся в инете, установил юсб драйвера и sdk. Не знаю что потом произошло, но после очередной попытки он загрузил рекавери. Слил на телефон прошивку и установил систему. Когда заливал в телефон прошивку, он был пуст как никогда. показывал - свободно 52,4 из 52,4ГБ. Была только одна папка, от рекавери и все.
Ps. Я совсем новичок в этом деле, так что...

Тоже поздно пишу, но все же напишу. Wipe на разделе /system очистит этот раздел - на то он и Вайп (с англ. Очистить). Останется только раздел пользователя (Data) и раздел кэша (Cache), которые без /system без полезны. Если вычистить эти разделы (Data, System, Cache и др. (если есть)), то в памяти устройства останется только Рекавери. Режим загрузчика, если я не ошибаюсь, сидит на плате, как и BIOS в ПК. Но это не означает что его нельзя угробить - любую память, даже как WindowsApps в Win под серьезной защитой, которые на неё "наклали" Майкры, хоть и самым безрассудным способом, но стереть с леца Земли возможно. Поэтому ради любопытности посмотреть такие места можно, но "ковырять" их не рекомендую - потеря платы/схемы хуже "кирпича...