чем отличается выполнение работ от оказания услуг в гос контракте?

Думаю, что как и во всех остальных случаях. Услуги и работы это разные понятия и регламентируются они разными нормами права смотрите главы 37 и 39 Гражданского кодекса РФ.. . Заключение договора между коммеческими организациями и заключение договора (контракта) с государственными организациями, на определение услуг и работ никак не влияют.