Как удалить из налоговой базы штраф по сроку давности по ст. 113? Прошло более 3лет.

Статья 113 Налогового кодекса устанавливает срок привлечения к ответственности. Она означает, что нельзя привлечь к ответственности = начислить штраф, если с момента совершения нарушения прошло более 3-х лет.
Сроков взыскания уже существующего штрафа она не устанавливает.

Несколько других статей Налогового кодекса (ст. 69, 70, 48) устанавливают конкретные сроки взыскания. Но с оговоркой: "срок может быть восстановлен судом".
Таким образом, само по себе то, что с момента начисления штрафов прошло 7 лет, и даже то, что, скажем, налоговая пропустила сроки взыскания, не означает, что долг признается автоматически безнадежным и списывается.
Пропуск срока означает лишь невозможность взыскивать штраф. А вот его исключения из карточек - нет, не означает.
Чтобы долг был списан, его должны признать безнадежным. Для физического лица причины для списания могут быть только:
- признание банкротом
- смерть
- решение суда о признании долга безнадежным в связи с пропуском сроков взыскания (или об отказе в восстановлении этих сроков).
При этом у налоговой инспекции нет обязанности выходить в суд для получения такого решения.

Так что правильно Вамс казали: долг будет продолжать числиться. Пока не произойдет одно из трех выше перечисленных событий, либо не изменится закон.
Вариант обойтись без суда не существует.
Однако до суда Вы должны будете обратится в налоговую инспекцию (точнее в Управление ФНС по Вашему региону) с попыткой урегулировать вопрос в досудебном порядке (это обязательное условие). Возможно, Ваш долг признают безнадежным по решению УФНС. Однако списан он все равно не будет: просто во всех справках рядом с долгом появится отметка "безнадежный".