Составляйте акт о факте прогула, и увольняйте по статье ст. 192 ТК РФ. Необходимо соблюдать все этапы увольнения, статья Вам в помощь (
http://delo-press.ru/articles.php?n=6713 )Составляйте все необходимые акты. Трудовая всё это время должна находится в месте хранения ТК, отдельно от работающих, с соответствующими документами и актами для увольнения .В данном случае он должен доказать, что ТК ему не выдавали, т. к. она выдается при увольнении. "Одолженные" деньги вернуть возможно в судебном порядке, если у Вас есть подтверждающие на то документы.