На каком языке программирования лучше всего писать сайт?

Начни с того, что перестань путать Java и Javascript. Да, у них четыре буквы одинаковые, но ведь у Леонида и Леопольда тоже три буквы одинаковые, это же не один и тот же человек.
Написать сайт без JS можно, но сейчас уже давно так не делают
Написать сайт без CSS можно, но со времени появления CSS так не делают.
Написать сайт без PHP можно, иногда так делают, особенно если это одностраничник.
Начни с HTML, потому что без него ты вбраузер вообще ничего не выведешь. Изучи семантику применения тегов, почитай теорию. Потом CSS, потрать на это хотя бы год. Конечно, можешь параллельно осваивать, скажем, PHP, но вёрстку нужно тренировать, в ней очень много нюансов и сразу не въедешь так, чтобы от и до понимать всё, как оно работает и получить в голове модель браузера, чтобы сразу знать, что нужно написать, чтобы получить желаемое.
JS можно оставить напоследок. Тем более, сейчас JS выделился в отдельную нишу и изучение всех актуальных библиотек и фреймворков может занять много времени. Даже стоько времени займёт, что пока ты отточишь знания чего-либо, оно уже устареет. В стане яваскрипта теперь приходится довольствоваться обрывочными знаниями, потому что просто некогда что-то изучать досконально, оно столько не живёт.