Экологическое состояние озера находится в серьёзной опасности из-за интенсивного роста численности местного населения, сплошной вырубки лесов по всему побережью, сверхразвитой рыбноэкспортной индустрии, появления и приживления экзотических растений и животных и, как следствие, исчезновения более 50 % местной рыбы (ранее только видов окуня-пеструна насчитывалось около 400), гипертрофированного роста водорослей и слива неочищенных сточных вод предприятий и канализационных вод прибрежных поселений.
С целью увеличения поголовья рыб в воды озера был выпущен нильский окунь, что привело к исчезновению многих видов местных рыб. Причинённый ущерб огромен и в значительной части невосполним. Традиционный общинный образ жизни с его присваивающим хозяйством на озере был разрушен и мало-помалу сходит на нет. Натуралисты сошлись во мнении, что если не принять неотложных мер по спасению озера, оно погибнет.
Помимо эвтрофизации и увеличивающегося слива сточных вод за интенсивное высыхание озера ответственны также водные лилии. Эти пресноводные растения, отличающиеся необычайной стойкостью и интенсивным размножением, были завезены в Африку в начале XX столетия в качестве украшений. С тех пор они интенсивно распространяются. В конце 1990-х водные лилии стали причиной резкого сокращения поголовья рыбы в озере Виктория, поскольку водные лилии поглощают из воды значительное количество кислорода. Кроме того, их усики и листья блокируют притоки и оттоки вод из озера, осложняют рыболовство и судоходство. OSIENALA следит за распространением водных лилий и принимает неотложные меры при увеличении их численности.
В связи с падением уровня воды в озере Виктория, в начале 2006 года представитель «Организации по уменьшению последствий стихийных бедствий при ООН» (UN’s International Strategy for Disaster Reduction) сообщил, что угандийская гидроэлектростанция потребляет больше воды из озера, чем это предусмотрено соответствующим международным договором, подписанным 50 лет назад.
http://biofile.ru/geo/129.html