Конечно можно. Вообще рекомендуют в микроволновку ставить стакан с водой, чтобы она не вышла из строя, если по ошибке включите пустую (не все модели это терпят).
Естественно можно, лучше всего это делать http://vodavdom.ua/ быстро и качественно без микроволновки, а в фильтре прогнать сначала, а потом уже можно кипятить воду, чтобы чистая были у вас, желаю удачи.