Если вы через агентство принимаете на работу по трудовому договору, то зачислять в штат. Писать инструкции не обязательно, если в договоре будут указаны обязанности. Если вы искали бухгалтера не на постоянную работу, а на месяц, чтобы сформировал баланс, сдал все отчеты и посчитал налоги, то заключить с бухгалтером гражданско-правовой договор на оказание услуг
вот такие есть специальны бухгалтера http://pkbuh.ru/ посмотрите и думаю что будет проще связаться и нанять его от сюда нежели искать и правильно оформлять. смотрите и надеюсь что вам это поможет. удачи и всего наилучшего.