Человеки, есть беспокоящий меня вопрос.

Она же твоя сестра

..договор о порядке пользования... хотя всё равно по счётчикам...

Честно говоря, абсолютно подсчитать количество потребляемых ресурсов Вами и ею на глаз невозможно. Поэтому лучше поступить так:
ХВС КПУ, водоотвод КПУ, ГВС КПУ делите поровну
Отопление: если у вас всего отапливаемых помещений в квартире шесть (три комнаты + кухня, туалет, ванная), то платите так: 2*сумма за отопление/6 (две Ваши жилые комнаты) + (3*сумма за отопление) /2 (половина стоимости за отопление в нежелиых помещениях)
Сод. и реж. ЖП - делите сумму по этому пункту на общую площадь квартиры, умножаете на (площадь жилых помещений, принадлежащих Вам + половину площади нежилых помещений)
Наем - как и с пунктом "сод. и реж. ЖП"
Антенна - пополам
Запирающее устройство - пополам
Газ - пополам
Электричество - пополам (не думаю, что Вы одновременно используете электроприборы в двух Ваших жилых комнатах)
Телефон - в зависимости от тарифа, но думаю, что тоже пополам

Словом, по справедливости Вы должны будете заплатить где-то от общей суммы платежа 55-60%%.

UPD. Доработал, обратите внимание на изменения.

А сестра совершеннолетняя и есть у нее источник дохода?

Каким образом "принадлежит"? И почему вы решили что две комнаты ваши, а одна сестры?

вам 2/3