Заземление в DipTrace PCB Layout

это значок общего провода а не заземления!

Связи уже установлены в принципиальной схеме. И менять их без особенной на то надобности смысла нет. Плату, по возможности, лучше делать односторонней, а второй слой полностью отдать под "землю", + еще можно в конце трассировки сделать заливку свободных участков, соединив их с общим проводом. + еще много чего можно. Читайте хелп на диптрейс, благо он полностью на русском ;)