На мой вкус для Windows лучшая в этом деле Auslogics Disk Defrag. Достаточно это делать раз в месяц. При большом количестве изменений на диске можно и чаще. На МАС и GNU/Linux дефрагментация либо не требуется, либо чаще всего выполняется средствами драйвера ФС. При использовании SSD-накопителя дефрагментация не требуется вовсе.