JavaScript или JQuery, на чем рациональнее программировать ?

JavaScript более рационален, jQuery облегчает, но не так уж и сильно, короче выберите что вам удобней

jQuery очень удобен для работы с DOM и всяких анимаций, да и запись кода (если там много обращений к DOM) прилично сокращает

jQuery упрощает работу в разы. Что бы удостовериться в преимуществах просто проанализируйте топовые сайты через инструменты разработчика на наличие встроенных скриптов и так же подключенных. К примеру вот пример скрытия элемента на чистом JS и с использованием библиотеки jQuery:

JS:
var hide = function(elem){
document.getElementById(elem).style.display = 'none';
};
hide('text');

jQuery:
$('#text').hide();