кто нибудь подписывал договор NCNDA с иностранной организацией? получили в банках РФ по нему деньги?

Указанный вами договор не является договором оплаты комиссии. Это документ о не распространении и не обхождении сторон. Но сами данные об оплате агентских и верификация их банками сторон проходят в IMFPA, который часто является общим дополнением к договору или параллельно с NCNDA.

На какой именно счет вы получите прописано в этих дополнениях к договору. И если банк оператор верифицировал это дополнение о комиссии -то можете получать в любом российском банке на валютный счет. Чаще всего деньги платит банк Покупателя. Иногда Продавца, если вы работаете по Договор_Поручение.