В матроску запаковать по порядку, если просто соединить ничего не вырезая. В отличие от джойнеров можно и разные форматы в один файл собрать, а понадобится и разобрать, без какого либо перекодирования и потерь.
Можно, но как сказали коллеги, если видео будет одинаковым по качеству. Самое просто сделать в тотал коммандере. выделить все видео и нажать в верхнем меню - собрать фалы. Он просто допишет все файлы подряд. Этот способ очень хорош, когда есть ряд файлов в одной камеры и нужно их объединить.