Варианты расположение директорий и файлов

Вот недавно чуть не вступил в конфликт с человеком в диалоге по поводу хранения файлов на хостинге. К примеру, я сортирую всё по папкам: для ксс файлов отдельная директория, для скриптовых отдельная. После того как у меня возникла проблема, я обратился за помощью для консультации, мне помогли. Но вот и нашлись сторонники, которые начали высказывать своё мнение, после чего мне стало интересно...

Одни говорят что все файлы нужно хранить в корне сайта с минимум директорий.
Другие говорят что правильно, нужно сортировать для удобства.
Третье говорят что нужно не нагружать хост и использовать сторонние ресурсы, что то похожее на CDN.

Но каково ваше мнение, как правильно делать, почему так?