Является ли шишка производственной травмой, если её набил начальник нерадивому подчинённому?

в принципе, да

Вобще-то это еще и статья для начальника идиота, причем уголовная, а нерадивый подчиненный может теперь легко бабок с него поиметь!

Несчастным случаем на производстве называется событие в результате которого работник утратил трудоспособность. У Вас что, больничный лист? Если больничный лист из-за этой гематомы, то надо проводить расследование в соответствии со ст. 229 Трудового кодекса РФ.