Подскажите как вырезать кусок видео чтобы не копировать всё видео!

Не выйдет без перекодирования. Это ж не кинолента, вырезанный кусок кодировать придется. А весь файл разумеется предварительно декодировать.
Если самому, то поможет avisynth. Это фрейм сервер. Он избавляет от необходимости декодировать весь файл целиком, вместо этого декодируя только те фреймы которые в данный момент отдаются кодеру. К него имеется фильтр Trim, который вырезает нужные куски от фрейма до фрейма. Ну а потом нужно настроить кодер и закодировать. После чего завернуть в контейнер кодированный фрагмент и такой же фрагмент звуковой дорожки. Ее тоже нужно будет кодировать. Вообщем придется покурить мануал к avisynth и h.264, написать скрипты. Возни много, но результат контролируемый.
Если не самому, то найти надо какую то резалку, типа как из поста выше. Она все перечисленное сделает сама. Но качество в этом случае зависит от разработчиков резалки. Возни почти нет, результат неконтролируемый.
Помню давно VirtualDub умел хорошо резать, но он только с avi работает.