Может ли из-за защитного стекла нагреваться смартфон?

нет.

Если и будет нагреваться то какую то десятую или сотую градуса.

Нет, тел греется, по причине его работы :) И чем сильнее нагружен, тем сильнее греется.

нет. вообще то отвод тепла с другой стороны от экрана. если производитель сделал все грамотно, то и нагрев незначительный.

Конечно может! Зависит от слоя клея между стеклами, чем тоньше слой, тем теплопроводность выше. Силиконовые и другие чехлы также способствуют накоплению тепла.