Уже в начале XVIII века можно найти предшественников торта Захер в поваренных книгах с рецептами венской и австрийской кухонь, чуть позже в книгах начали упоминать шоколадные торты, залитые глазурью.
В 1832 году министр иностранных дел Меттерних приказал своему повару создать для него и его высокопоставленных гостей необычный десерт. Однако шеф-повар был болен, поэтому задание пришлось выполнять 16-летнему Францу Захеру (1816—1907), обучавшемуся кондитерскому мастерству на придворной кухне.
Хотя торт понравился гостям, его оставили без должного внимания на долгие годы.
Шоколадные торты включались в австрийские кулинарные справочники с 1719 года, в том же столетии впервые были упомянуты шоколадные пироги, поверхность которых заливалась шоколадной же глазурью. Именно такая глазурь и слой мармелада под ней – отличительная особенность настоящего Захер-торта. Вполне возможно, что юного Франца вдохновил какой-то подобный торт, известный в его время, однако абрикосовый мармелад под глазурью - его личное открытие. Хотя и этот ингредиент нередко встречался в современных ему французских книгах по кондитерскому мастерству.

Собственно сам рецепт торта никогда не являлся тайной. Как сообщает поваренная книга 1913 года, "представляемый рецепт был любезно предоставлен нам фрау Анной Захер.
Откуда он позаимствовал идею рецепта, как он к ней пришёл - осталось неизвестным. Злые языки поговаривали, что изначально рецепт торта был изобретён его сестрой.
Первый судебный спор о торте произошёл в 1934 году. В суровые военные годы один из внуков Франца Захера, лишённый доли в наследстве, отомстил своей семье тем, что продал оригинальный рецепт и подробности технологии старейшему и авторитетнейшему венскому кондитеру Демелю.
С тех пор демелевский торт носил на шоколадной медали соответствующую надпись "Эдвард Захер. Вена", в то время как семейное предприятие подписывало свою медаль "Отель Захер Вена".

С юридической точки зрения ситуация оказалась далеко не простой. Во-первых, Демель приобрёл права на производство торта Захера у члена из семьи. Во-вторых, сам оригинальный рецепт по окончании первой мировой войны претерпел существенное изменение: теперь в кондитерской Захер торт разрезали по горизонтали и промазывали мармеладом, чтобы сделать его более сочным, в то время как изначальный торт Франца Захера ещё не имел этой дополнительной прослойки, и мармелад укладывался только на поверхность торта, перед покрытием глазурью.
Это давало Демелю известное преимущество. Демелю было предписано заменить круглую шоколадную медаль на торте треугольной, однако всё ещё не был вынесен окончательный вердикт, кто имеет права на надпись "Оригинальный Захер-торт".
В 1992 году, после долгого затишья, новый владелец кондитерской Демеля возобновил препирательства. Он утверждал, что кондитерская Захера заменяет одну шестую масла в составе торта обычным маргарином, что уж точно не является следованием оригинальному захеровскому рецепту. Как отвечала на это другая сторона, "это мы, владельцы, определяем, как приготавливается оригинальный торт.. .Кстати, интересно также, что выпущенная в 1975 году "Большая поваренная книга Захера" публикует именно тот цельный вариант торта, в котором мармелад только абрикотирует торт, т. е. , фактически, вариант трота Захера по Демелю.