Беременная работница имеет право на 6-часовой рабочий день. А если у меня сменный график и работа по 12 часов,

могут дать отгул

рабочий день может быть уменьшен только поуказанию врача. Если у врача указаний нет, то беременная сотрудница работает полный рабочий день (но это для 8-ми часового) . У Вас должен быть какой-то внутренний распорядок.

ст 93 ТК
Работодатель обязан устанавливать неполный рабочий день (смену) или неполную рабочую неделю по просьбе беременной женщины, При работе на условиях неполного рабочего времени оплата труда работника производится пропорционально отработанному им времени.
Статья 254. Перевод на другую работу беременных женщин и женщин, имеющих детей в возрасте до полутора лет

Беременным женщинам в соответствии с медицинским заключением и по их заявлению снижаются нормы выработки, нормы обслуживания либо эти женщины переводятся на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных производственных факторов, с сохранением среднего заработка по прежней работе.
До предоставления беременной женщине другой работы, исключающей воздействие неблагоприятных производственных факторов, она подлежит освобождению от работы с сохранением среднего заработка за все пропущенные вследствие этого рабочие дни за счет средств работодателя.

сокращается на один час.

Думаю вас дожны перевести на дневную смену, на легкий труд.

Согласна с Еленой Павловской.
Беременных вообще нельзя в смену ставить.