Да, были. Известно, что Алтынсарин был женат на Айганыс Чулаковой, жительнице Сыр-Дарьинской области. Имел троих детей: сыновей Габдуллу (Абдуллу) и Абдрахмана и дочь Шарифу. Источник там
http://wap.history1997.forum24. ru/?1-11-20-00000053-000-0-0-1314869065
Воспитывал сына своего брата Оспана - Хамитбека (умершего в 5-6 лет). Рождение своего сына (Абдулла, род. 1881 г.) отметил, по обычаю, празднеством (байга, национальная борьба). Второй сын Абдрахман родился в 1882 году. Дочь Шарипа - в 1886-м. Как сам Ыбырай, так и жена его, Айганыс, очень любили детей, держали для них няню-казашку. Один из сыновей Алтынсарина Абдрахман учился в Троицкой гимназии и умер в 15 лет от туберкулеза. Старший сын Абдулла, болезненный мальчик, мог заниматься лишь домашним хозяйством. У Алтынсарина была своя домашняя библиотека. В этой библиотеке были сочинения таких писателей, как Л. Н. Толстой, Н. В. Гоголь, А. С. Пушкин. М. Ю. Лермонтов. Н. Г. Чернышевский, В. В. Белинский, И. Крылов; из иностранных авторов -произведения Бокля «История цивилизации в Англии». Шекспира, Байрона, Руссо, Гегеля. Много было также педагогических трудов. Алтынсарин любил казахскую музыку, сам хорошо играл на домбре и пел казахские песни.
http://isinans.narod.ru/index/0-5 У него были и внуки, и правнуки. Его потомки до сих пор живут где-то и периодически приезжают в Костанай.
http://meta.kz/527825-rodstvenniki-ibraya-altynsarina-priehali-v-kostanay.html