Почему многие великие учёные СССР при Джугашвили (Сталин) были врагами народа?

Ну так, несколько прямых примеров. -

Александр Леонидович Чижевский - советский учёный, биофизик, один из основателей космического естествознания, основоположник космической биологии и гелиобиологии. Отсидел около 8 лет в лагерях.

Дмитрий Фёдорович Егоров - значимый российский и советский математик. Президент Московского математического общества. Учениками Егорова были академики Н. Н. Лузин, П. С. Александров, а также И. Г. Петровский, И. И. Привалов, В. В. Степанов, В. В. Голубев, Л. Н. Сретенский, Д. Е. Меньшов. Погиб в заключении после голодовки.

Николай Павлович Авдулов - русский биолог, цитолог, морфолог, систематик растений, доктор биологических наук. Провёл исследование кариосистематики семейства злаков, ставшее позднее классическим. Расстрелян.

Борис Васильевич Нумеров - один из ведущих советских астрономов, который в связи с проблемой создания каталога слабых звёзд, предложил в 1932 году план наблюдений избранных 10 малых планет для определения точки весеннего равноденствия и положения экватора для этого каталога. По этому плану на 19 обсерваториях разных стран с 1956 по 1975 годы было получено свыше 22 000 точных положений планет. Расстрелян.

Александр Александрович Пороховщиков - российский инженер-конструктор, лётчик, предприниматель. Создатель первого русского «танка Вездехода». Так же, В 1914 году построил первый в мире успешно летавший самолёт двухбалочной схемы — двухместный разведчик, название «Би-кок» № 2 («Двухвостка»). Второй построенный им в 1915 году экземпляр «Бикока» был оснащен гусеничным шасси (это тоже было сделано впервые в мире). Расстрелян.

Георгий Эрихович Лангемак - один из пионеров ракетной техники и один из основных создателей реактивного миномёта «Катюша». Основоположник исследований по конструированию реактивных снарядов на бездымном порохе, открыл так называемый закон подобия, знание которого позволило определять оптимальную геометрию сопла реактивного двигателя без длительных дорогостоящих экспериментов — аналитическим расчётом. Перевёл на русский язык термин «космонавтика». Расстрелян.

Александр Филиппович Вальтер - советский физик, специалист в области электрического пробоя диэлектриков и электрофизики. Его исследования пробоя и электропроводности твердых диэлектриков позволили создать материалы для электроизоляции, нашедшие широкое применение в электротехнике и в оборонной промышленности. Расстрелян.

Гео́ргий Дми́триевич Карпе́ченко - советский учёный-генетик с мировым именем. Заложил теоретические основы для использования отдаленной гибридизации в селекционной работе и существенно пополнил представления о возможных путях генной инженерии цветковых растений. Расстрелян.

Борис Михайлович Гессен - советский физик, философ и историк науки. Его блестящий доклад «Социально-экономические корни механики Ньютона» на втором Международном конгрессе по истории науки и техники в Лондоне (1931) послужил важным стимулом в развитии экстерналистского подхода к написанию истории науки. Расстрелян.

Дмитрий Дмитриевич Плетнёв - российский и советский научный деятель и публицист. С 1933 по 1937 год возглавлял НИИ функциональной диагностики и терапии. Заслуженный деятель науки РСФСР. За достижения в области аритмологии, ревматологии и изучению сепсиса Плетнёв был избран почётным членом Объединённого общества терапевтов и педиатров Берлина и — позже — почётным членом Мюнхенского терапевтического общества (1934). Расстрелян.

Дмитрий Иванович Мушкетов - русский, советский геолог, специалист в области региональной геологии и тектоники, доктор геолого-минералогических наук. Один из главных создателей Горного Института прикладной геофизики имени проф. В. И. Баумана. Пользовался мировой известностью и огромным авторитетом среди геологов. Расстрелян.

И причём этот список можно продолжать ох как долго...