Тоже мучался с этими заголовками (при добавлении заголовка на нужный уровень в автособираемое оглавление, убиралась нумерация, изменялись отступы).
Я решил задачу следующим образом.

Выделяешь в тексте заголовок нужного формата, на главной панели ворд нажимаешь правой клавишей мышки на заголовок нужного уровня (Заголовок 1, Заголовок 2 или Заголовок 3) и выбираешь пункт "Обновить заголовок в соответствии с выделенным фрагментом". И так для каждого уровня.
Потом выделяешь каждый заголовок в тексте и применяешь к нему стиль соответствующий Заголовку 1, Заголовку 2 или Заголовку 3.