В каком вузе самый лучший химический факультет (Россия), можно даже топ составить, и почему?

Вам, как думающему человеку, задавать бы сии вопросы или прошерстить уже имеющиеся ответы (их тьма) на профильных форумах химиков:
http://forum.xumuk.ru/index.php?s=eb982f56691d935daf95984d19c408ea&showforum=44
http://www.chemport.ru/forum/viewforum.php?f=23&sid=464787fee205fc02e387c60ebccae879

Ответ, вероятно, будет зависеть от желаемой для изучения области химии. Стоит изучить кафедры, преподавательский состав, определиться с целями.
От человека, не разбирающегося в предмете: хвалят химфак МГУ, знаю, что не столь трудно поступить, как трудно учиться, пахать надо как вол, но это и хорошо, считаю (просто надо быть готовым), помимо химфака, есть в столице два профильных ВУЗа - МИТХТ им Ломоносова и РХТУ им Менделеева. СПбГУ у химиков вроде не в почете...

1. МГУ
2. СПбГУ
3. РХТУ
А в МФТИ разве что факультет молекулярной и химической физики.

Да, как выше уже отметили, в СПбГУ слабый институт химии (говорю по личному опыту, и там уже не химический факультет, а институт химии)), поэтому его нужно сразу отбросить. Выбирайте МГУ, например.