Подпись сотрудника в приказе отдела кадров на предоставление ему отпуска - не более чем формальность, служащая для отчётности самого отдела кадров. Если же сроки отпуска давно уже согласованы, бухгалтерия, стало быть, осведомлена об этом, и обязана выполнить свою задачу. Но лучше, конечно, заранее выяснить в бухгалтерии нюансы и постараться прийти к какому-никакому компромиссу.