То есть по местоположению автобус уже проехал мимо, а по факту его не было. Как я понимаю, там же идёт привязка с GPS, я понимаю, если бы она была с задержкой, а тут выходит наперед.
GPS+интернет+сервера обрабатывающие все это+алгоритм обработки - это то, что влияет. Надо спросить у яндекса почему так и как они это реализовали, но лично я что-то такого не замечал, отклонения - да, были.