Подскажите, почему It didn't rain, а не it wasn't rain? В Present Simple же It is rain...

Когда говорят, что идёт дождь или снег, то используют глаголы to rain или to snow. (Их даже изучают как отдельную грамматическую тему, погуглите). В качестве подлежащего в таких предложениях всегда используется безличное местоимение it.
It often rains here. - Здесь часто идёт дождь.
It is snowing. - Идёт снег (сейчас).
It doesn't snow in summer. - Летом не бывает снега.
It didn't rain yesterday. - Вчера не было дождя/не шёл дождь.

Не знаю, откуда вы взяли It is rain. Это возможно разве только, когда объясняют ребёнку что такое дождь и показывают на соответствующую картинку. Либо в выражениях типа "It's rain, not sleet". "It wasn't rain but hail".