Откуда ведётся отсчёт километров в когда я еду из города на пригородных поездах ?

Если вы про то, что вам нужно выйти на ОП 1234 км, то от начала линии. При этом ваш город вполне может стоять где-нибудь на 1286-м километре.
А если речь о расстоянии (стоимости) проезда, то просто считается километраж между станциями отправления и назначения. Независимо от того, какие цифры стоят на столбах рядом с путями.