В чем разница комментария и примечания?

Обычно примечание пишет автор статьи, в нем он что-то дополняет, разъясняет. Примечание он может поместить где угодно, например, прямо в тексте статьи, типа:
ПРИМЕЧАНИЕ: некоторые читатели могут не понять данную фразу, но это не значит, что она плоха, это значит, что они тупые.
Или сделать сноску в конец статьи.
А комментарий оставляет читатель статьи, в специально отведенном для этого месте (конечно, и автору никто не запрещает добавить свои комментарии).
Я здесь вел речь, конечно, о статьях в Интернете. А вообще смысл этих двух терминов примерно такой:
примечание - дополнение, разъяснение (как правило, к тексту)
комментарий - мнение, высказывание по какому-либо поводу (не только к тексту, но и к событию, происшествию и т. п.)