Разница в использовании Present Perfect Continuous и Past Continuous

Present perfect continious обозначает действие которое началось в прошлом и длится до теперешнего момента
Past continious обозначает процесс какого-то действия в прошлом
Они в принципе обозначают разные вещи и их сложно перепутать. Present perfect continous не может обозначать то, что обозначает past continous и наоборот.
Вот пример Perfect continuous
I have been working on this since I was 20 - Я работаю над этим с 20 лет
He has been watching that girl for 2 hours already - Он за той девкой уже 2 часа наблюдает
Вот пример past continious
When I came he was cleaning his room - Когда я пришёл, он убирал комнату
This time yesterday I was sleeping - В это время вчера я спал

Как видите, в принципе обозначают разные вещи. В present perfect continious процесс работы начался в прошлом и длится до сих пор, процесс как бы врезается в настоящее. past continious никакого отношения к настоящему не имеет, просто процесс в прошлом

I have been thinking - я раздумывал [думал об этом вот уже неделю, например на момент речи], I was thinking - я думал (занимался мыслительной деятельностью в некоторый момент, напр. в 6 вечера вчера...)

I was thinking about that all day long yesterday. Я (уже) думал об этом вчера в течение всего дня. (А сейчас уже не думаю!)

I have been thinking about that since last week. Я, начиная с прошлой недели, думаю об этом (и продолжаю думать до сих пор).

В этом ВСЯ ФИШКА!